Почетоците на Детската клиника се од детското одделение на Земската болница во Скопје. Создавањето на клиниката се совпаѓа со создавањето на Медицински факултет во Скопје во 1947 година. Детското одделение на Земската болница e формирано со две одделенија: за доенче и поголемо дете, а најчеста патологија била: болести на гастроинтестиналниот тракт и малнутриции. Непосредно по втората светска војна смртностанадоенчињатабила со многу висока стапка во цела Европа, а особено во Македонија каде достигнувала 148/1000 новородени.Започнато е со подобрување на дијагностичките и тераписки можности за сите детски заболувања, дијагностика на малигни заболувања кај деца, подобрено дијагностицирање на ТБЦ како значаен фактор во морбидитетот и морталитетот на децата.
Прв директор на клиниката бил доц.д-р.Харлампие Манчев, а удел во работата имале доц.д-р Х.Манчев и доц.д-р М.Јаковлевиќ.
Клиниката во Југословенски размерипредставувала лидер во дијагностицирање и лекување на некои заразни и паразитни заболувања (Kala Azar),како и во лекувањето на различни форми на потхранетост.Освен пулмоналните форми на ТБЦ, честа форма во овој период е ТБЦ менингитис, поради што на Клиниката формирале посебно одделение за лекување од болеста. Истовремено е започнато и со дијагностицирање на конгенитални хемолитички анемии.Во тоа време клиниката била преселувана од детското одделение на Земската болница во зградата на хируршката клиника,во гиниколошката клиника, во поранешниот уред – градска болница. Од 1957година таа е сместена во новоизградениот клинички објект, денес објектот на интерни клиники. Во периодот 1956/57 година директор на клиниката е проф.Христо Дума, со капацитет од над 100 кревети, 6 специјалисти и повеќе специјализанти.Клиниката почнала со осовременување со нова организациона поставеност.Се диференцирале три оддели: оддел за доенче, оддел за поголемо дете до 3 години и оддел за претшколско и школско дете.Раководители на одделите биле проф. д-р Христо Дума, проф.д-р Аврам Садикарио и проф.д-р Душко Теодосиевски. Бројот на специјалисти достигнал над 10 а се зголемил и бројот на специјализанти. Започнато е формирањето и на нови оддели: кардиологија, неонатологија, оддел за пореметен метаболизам, нефрологија, неурологија, гастроентерохепатологија, пулмологија, хематологија, ендокринологија и имунологија. Експанзија доживеала и биохемиската лабораторија на Клиниката, при што особено се развила хемоглобинолошката лабораторија. Во тој период Клиниката била една од водечките установи за дијагностицирање на педијатриската патологија во земјата, а за проблемот со таласемии зазела водечка позиција во поширокиот регион.Се оформиле еминентни педијатриски специјалисти како проф.д-р Марија Делиџакова, проф.д-р Васка Донева, прим.д-р Будимир Младеновски, прим.д-рРадмила Котевска, прим.д-р Ѓ.Грозданов, доц.д-рРатка Влашки и м-р Милка Андреевска како шеф на лабораторијата.
Во катастрофалниот земјотрес во 1963 година, биле онеспособени просториите на клиниката и таа била дислоцирана во шатори,а дел во просториите на старото средно медицинско училиште.Со средства од шведска хуманитарна организација,хуманитарна помош од –Спасете ги децата-изградени се монтажни простории во нас.Ѓорче Петров/1963. Објектот каде била сместена клиниката е саниран и е со капацитет од 250 кревети.

Во монтажниот објект лекувани се хронично болни деца и рековалесцентите.Бројот на лекари се зголемил на 21.Дел од нив се од председателот на СФРепублика Југославија поради залагања во вонредни услови. Следел период на интензивно усовршување на лекарскиот и другиот здравствен персонал на клиниката во рамките на Југославија и надвор.Во следните години на клиниката се зголемувал обемот на работа по супспецијалности со кои раководеле проф.д-р И.Бојаџиев, проф.д-р В.Старова, проф д-р Н. Зисовски, проф.д-р Н.Софијанов.Се формирал и отсек за функционална дијагностика на белодробни заболувања, ЕЕГ лабораторија и цитогенетска лабораторија.Значаен дел на работата на Клиниката во тој период се одвивала преку службата за надворешни пациенти како зачеток на формирање на консултативните супспецијалистички амбуланти. Во овој период значајно е намалена смртноста на доенчиња и деца во Македонија. Од 1975 година со клиниката раководи проф.д-р А.Садикарио.Еден од најеминентните педијатри особено афирмиран во областа на хематоонкологијата и нефрологијата. Во тој период формирани се нови отсеци со кои раководат проф.д-р Н.Зисовски, прим.д-р М. Здравева, прим.д-р Т. Николова, прим.д-р Р. Џарлиева, прим.д-р М. Дуковски, проф.д-р А. Гордова, прим.д-р Б. Грчева. Во овој период Клиниката се збогатува со прием на 16 нови лекари кои специјализираат педијатрија за Клиниката.
Конечно, во 1985 година, Клиниката за детски болести се лоцира во нов засебен објект во кој е сместена и денес. Периодот од 1984 до 1996 директор на клиниката е проф.д-р Никола Софијанов. На Клиниката се оформуваат 14 супспецијалистички оддели со засебна патологија, а се формираат и субспецијалистички амбуланти по сите педијатриски субспецијалности. Бројни лекари се испраќаат на усовршување во странство и носат нови дијагностички и терапевтски методи на Клиниката.
По пензионирањето на проф Софијанов Клиниката како директор ја раководи проф.д-р Мирјана Кочова до 1999 година. Во овој период со Проект од Светската банка се едуцираат 6 педијатри и 12 сестри во областа на интензивната нега и терапија на новородени и доенчиња со што се поставува кадровска база и се добива опрема за Одделот за интензивна нега и терапија. Се отпочнува со транспорт на загрозени новородени кон Клиниката, а отпочнува и примена на неонатален скрининг за хипотироидизам. Во генетската лабораторија се воведуваат нови цитогенетски и молекуларни методи, а на одделите се развива интензивна проектна соработка со странство. Се воведуваат нови протоколи за лекување на деца со малигни болести. Се усовршува ултразвучната дијагностика во неврологијата и кардиологијата, нефрологијата каде се воведува перитонеалната дијализа, гастроентерологијата со ендоскопски процедури и ендокринологијата каде се отпочнува терапија на дијабет со инсулински пумпи.Бројни лекари се испраќаат на едукација од сите супспецијалистички области. Се подготвува нова систематизација со назначување на шефови на оддели и тоа: Проф д-р К. Пиперкова-неонатологија, Проф д-р Д. Кузмановска- нефрологија, Проф д-р М. Кутурец и Ф. Дума-неурологија, Проф д-р С. Фуштиќ-Доенче и метаболизам, Проф д-р С. Грујовска и проф д-р Г. Тодоровски-гастроентерохепатологија, Проф д-р С. Пеова-имунологија, Проф д-р Љ. Николовски и Прим д-р А. Саздовски-пулмологија, Проф д-р Р. Кацарска-кардиологија, Проф д-р М.Кочова и проф д-р З. Гучев- ендокринологија, Проф д-р О. Муратовска-онкологија и Проф д-р С. Гламочанин-хематологија, Проф д-р Н. ПопЈорданова- Оддел за психосоматика, Проф д-р В.Милев-оддел за интензивна терапија и нега. На Клиниката работат и бројни други соработници од областа на психологијата, развојната педијатрија, диететиката и физикалната терапија.
Од 2000до 2002 г директор е науч.сор.А.Костовски, проф.д-р З.Гучев до 2006 год.Од 2006-2010 науч.сор.А.Костовски, во 2007 година повторно Проф д-р М. Кочова, а од 2010-2012 година науч.сор.А.Костовски. Во овој период се добива современа опрема преку Владата на Р Македонија на одделот за ендокринологија, гастроентерологија и во генетската лабораторија. Се добива и апарат за метаболен скрининг. Одделите и субспецијалистичките амбуланти се компјутеризираат што значајно ја подобрува документацијата..
Од месец март 2012 година со Клиниката раководи медицински и организациски директор.Медицински директор е доцент.д-р.сци Аспазија Софијанова, а организациски дипл.економист Ридван Ибраими. Во овој период се врши значајна реконструкција на Клиниката со осовременување на амбулантно поликлиничкиот дел, се воведуваат иновативни техники во интензивната терапија, а Одделот за интензивна терапија и нега прифаќа и поголеми деца. Се воведува транспорт не само за новородени, туку и за поголеми деца од и кон Клиниката. Се одржуваат претходно воведените процедури на лекување и дијагностика и се воведуваат нови. Во овој период е започнат проектот за детска Кардиохирургија со регрутирање на пациенти на Кардиолошкиот оддел, а оперативни зафати спроведени од странски експерти кои спроведуваат и едукација на домашни лекари за инвазивна кардиолошка дијагностика. Клиниката го раководи изготвувањето на регистарот на ретки болести и отпочнува лекување на дел од нив.Отпочната е трансплантација на органи во соработка со хируршките клиники и странски експерти. Се формира центар за аутизам. Интензивната едукација на лекарите од различни области во странство продолжува.
За здравствените активности Клиниката има добиено пофалница од Светска здравствена организација за намалување на доенечката смртност во , а наградата Трифун Пановски од Здружението на педијатри на Македонија е доделена на неколку истакнати педијатри (Проф д-р Софијанов, Проф д-р Зисовски, Проф д-р Кочова, Проф д-р Гламочанин и Проф д-р Софијанова).

Образовна Дејност
Катедрата по педијатрија формирана 1947 година, наставата по педијатрија започната 1950 година.Освен вообичаени форми на настава за студенти воведени се курсеви, семинари и презентации во кои се вклучени специјализанти и посдипломци.Од 1968 -1974 година со катедрата раководи проф д-р Христо Дума, од 1975-1983 Проф д-р Аврам Садикарио, од 1984-1985 Проф д-р Васка Донева, од 1985-1986 проф д-р Вулнет Старова, од 1986-1988 ОПроф д-р Илија Бојаџиев, од 1989-1999 Проф д-р Никола Софијанов, од 1999-2003 Проф д-р Нада ПопЈорданова, од 2003-2005 Проф д-р Владислав Милев, од 2005-2007 Проф д-р Мирјана Кочова, од 2007-2009 Проф д-р Стефанка Грујоска, од 2010-2014 Проф д-р Дафина Кузмановска, а од потоа Проф д-р Ката Мартинова.Катедрата по педијатрија се вклучува во кредит трансфер системот во едукацијата на студентите, а во 2014 година го добива проектот Леонардо ДаВинчи со кој во координација со Лондон се едуцираат 4 професори и 4 асистенти за осовременување на наставата по педијатрија за студенти по медицина.
Катедрата ја проширува својата дејност и во другите дисциплини. Така учествува полноправно во наставата по генетика за студенти по медицина и високите школи, а шеф на оваа катедра исто така доаѓа од Клиниката, Проф д-р Мирјана Кочова од 2009-2014 година, а потоа Доц д-р Елена Шукарова –Ангеловска од 2014 година. Исто така, се држи настава за студенти по стоматологија, за високи школи за сестри, логопеди и физиотерапевти, како и опсежна настава за семејна медицина раководена од Доц д-р Катерина Ставриќ

Научна дејност
Клиниката врши значајна научна дејност од нејзино формирање до денес. Првите иследувања се насочени кон паразитарните заболувања во почетокот на 50-тите години.Подоцна научноистражувачката дејност е усмерена кон хемоглобинопатиите.Од оваа област произлезени се бројни научни трудови.Изработени се два проекти за таласемија, проект за психомоторен развоја на деца од 0-3 години, проект на предикторните вредности на ЕЕГ кај фебрилни конвулзииво детска возраст. Потоа следат бројни научно-истражувачки проекти од сите области на педијатријата финансирани од Минстерството за здравство и повеќе меѓународни проекти (од ендокринологија, пулмологија, за цистична фиброза, хемато-онкологија). Лекари од Клиниката користеле 4 престижни Фулбрајтови стипендии во САД (проф Софијанов 1, Проф Кочова 2, Проф Дума 1) и многу други истражувачки покуси стипендии. Објавени се бројни трудови на домашни и странски конгреси и во еминентни домашни и странски списанија со импакт фактор, со висока цитираност.Некои од професорите се меѓу најцитираните на Балканот. Професорите од катедрата се членови на меѓународни асоцијации од различни области на педијатриската патологија, на посебни меѓународни студиски групи, со постојано стручно усовршување.Објавени се бројни книги, монографии и скрипт. Заради високото реноме Клиниката е редовен учесник во меѓународни клинички студии со кои се тестираат нови лекови.
Во 2014 година Проф Кочова и нејзиниот тим се наградени со наградата Гоце Делчев, а во 2015 година Проф д-р Тасиќ е прогласен за научник на годината.

Хоспитални услови
Клиниката е сместена во кампусот на поранешниот Клинички центар со другите клиники и институти.ЈЗУ Универзитетска клиника за детски болести, како самостоен објект е изграден 1985год, по имотен лист бр.18007 Клиниката поседува околу 7881м2. Последна адаптација е направена во 2007, а реконструкција 2001година. Објектот е цврста градба од траен карактер. Клиниката е на 7 спрата со вкупна површина од 7881м.Соодносот на површини, болнички простор 5962 м2 , административен простор 845м2, други содржини (кујна, перална, магацини, скривница и др.простории) 1074м2 .
ЈЗУУниверзитетската клиника за детски болести Скопје представува единствена работна целина составена од развиени супспецијалистички служби.Капацитетот е 230 болнички кревети за хоспитализација на оддели и 4 кревети на оддел амбулантско поликлиничко лекување. Вкупниот број на вработени е 293, вработени доктори 54, лекари на специјализација 3, доктори на медицина 5, медицински сестри 154, лабораториски техничари 12, биолози 6 или вкупно 234 медицински персонал и стручни соработници 4 (психолог, социјален работник, дефектолог, фармацевт,одговорно лице за безбедност издравје при работа) Административен (21) и технички персонал(34) има 55 вработени. Клиниката располага со поликлиника и супспецијалистички амбуланти (10), опремен оддел за интензивна терапија, транспортен сервис-за транспортирање на витално загрозени деца во државата и во Центри надвор од земјава, биохемиска и хематолошка лабораторија, генетска лабораторија, лабораторија за ТСХ скрининг, молекуларна лабораторија и аптека депо.ЈЗУУКлиниката за детски болести како единствена терциерна јавна здравствена установа во РМ ги дијагностицира и лекува најкомплицираните болести кај децата, закажани преку Мој термин во своите супспецијалистички амбуланти, оддели и лаборатории на cost-effective начин и врши истражување, евалуација и едукација во полето на детското здравје.Хоспитализирани на клиника во 2014 година се 8020 пациенти на сите оддели.Во дневна болница медицински третман и терапија добиле 2166 пациенти.Амбулантско-поликлинички прегледиза 2014, реализирани 25546.Реализирани лабораториски биохемиски анализи за 2014 се 260 750, крвни слики 45 000, урини 14 705 и голем број на други анализи.