Оддел за ургентна педијатрија и специјалистичка консултативна дејност и токсикологија

Оддел за интензивна нега и терапија

Оддел за педијатриски и неонатален итен транспорт

Оддел за онкологија

Оддел за хематологија

Оддел за малигни хемопатии и следење на трансплантирани пациенти

Оддел за ендокринологија со молекуларно генетска дијагностика

Оддел за клиничка генетика со генетска дијагностика

Оддел за кардиологија

Оддел за ревматологија

Оддел за белодробни инфекции и хронични пневмопатии

Оддел за пулмологија со алергологија

Оддел за вентилациски пореметувања и болести на плевра

Оддел за хепатологија

Оддел за гастроентерологија

Оддел за имунологија ”Проф д-р Илија Бојаџиев”

Оддел за несакани поствакцинални реакции

Оддел за неврологија,епилепсија и развојно следење

Оддел за заболување на нервниот и нервномускулниот систем

Оддел за цистична фиброза

Оддел за доенче и метаболизам

Оддел за психофизиологија

Оддел за неонатологија и специјална неонатална интензивна нега

Оддел за нефрологија

Оддел за дијализа и трансплантација на бубрези

Оддел за неонатален скрининг

Оддел за Клиничка лабораторија (хематологија, биохемија , имунологија и алергологија)

Оддел за болничка аптека